据了解，日本这一国家级机构是在两家机构基础上合并而成的，即此前负责感染症监测和分析的国立感染症研究所和拥有丰富临床经验的国立国际医疗研究中心。后者的最后一任理事长国土典宏出任新机构首任理事长。因以美国疾病控制和预防中心（CDC）为模板，新机构又被称为“日本版CDC”。

　　据国立健康危机管理研究机构官网介绍，该机构根据2023年颁布的《国立健康危机管理研究机构法》设立。它将主要承担四大功能，即感染性疾病监测、信息收集分析和风险评估，研究和开发，临床诊疗，人才培养和国际合作，立足于在感染性疾病发生和蔓延时，综合推进基础、临床、流行病学、公共卫生等领域研究，并向政府提供最新的医疗和公共卫生对策建议。