玉架山考古博物馆总建筑面积约2.5万平方米，展出文物1800多件，与玉架山考古遗址公园相邻。该遗址曾获评“2011年度全国十大考古新发现”，是迄今为止，各地的良渚文化的遗址中，单体出土墓葬最多，时间序列最完整的遗址。它的考古工作从2008年持续至2022年。

　　“玉架山遗址是一个由6个环壕组成的完整聚落遗址，多环壕聚落遗址在良渚考古中是首次发现，同时，遗址涵盖了良渚文化早、中、晚期，贯穿了1000年间良渚文化的兴衰历程。”浙江省文物考古研究所所长方向明研究员告诉记者，玉架山遗址对于研究“早期良渚”，也就是在良渚古城建成之前的良渚社会也有重要意义。

　　在博物馆的玉架山遗址厅，观众就能观赏众多玉器、石器、陶器等展品，感受良渚时期先民规划营建聚落的历史。而这座博物馆不仅仅局限于一处遗址，在茅山遗址厅，观众也可以感受良渚文明的另一种神奇。

　　茅山遗址历经马家浜文化、崧泽文化、良渚文化和广富林文化，距今已有6000多年至4000多年的历史。它于2009至2011年经过了三期正式发掘，出土成果丰富，发现了良渚时期的独木舟，也首次发现了良渚时期的大规模古稻田。方向明说，良渚古城里没有稻田只有大粮仓，茅山考古在当时首次发现了良渚时期的古稻田，为进一步研究良渚的稻作农业提供了重要线索。

　　在茅山遗址厅，观众就可以看到整体提取的古稻田遗迹。而在比良渚稍晚的广富林时期的农耕层上，一头圣水牛还留下了多个蹄印。多学科研究显示，茅山遗址所在的地区此后就逐渐被洪水所淹没，这为揭示良渚文明何以衰亡提供了重要依据。

　　除了玉架山遗址和茅山遗址，近年来，杭州市临平区已经发现了20多处同时期的遗址。玉架山考古博物馆馆长吕芹介绍说，这批遗址统称为“临平遗址群”，其中有5处进行了正式的考古发掘。临平遗址群在当时是环太湖地区良渚文化的高等级区域中心，涵盖大型聚落、小型村落、显贵墓地与平民墓地等多种类型，呈现出功能各异等级有序的聚落结构。为此，博物馆也专设了临平遗址群展厅。

　　玉架山考古博物馆是浙江省首座考古博物馆。浙江省博物馆学会理事长、浙江自然博物院院长严洪明说，考古博物馆依托考古遗址，以考古学的视角为公众解读遗址的文化内涵，并向公众普及考古学的基本理论和知识。这座博物馆也填补了浙江博物馆领域的一个空白。