重新开关的皇岗口岸是中国规模最大的单体口岸建筑，分为地下4层、地上5层，总建筑面积达68.97万平方米，也是全球最大的陆路口岸综合体，规划有5条轨道线交汇。

　　皇岗口岸重建后，定位为港深之间最重要的24小时客运陆路口岸。使用该口岸的整体通关时间从原来落马洲／皇岗口岸的约30分钟，大幅缩短至约5分钟。口岸的设计通关流量为每日20万人次，日后港铁北环线支线开通后，更可提升至每日30万人次。

　　据了解，重建后的皇岗口岸设有134条“合作查验”自助通道和68个传统人工柜台。旅客使用自助通道时，只需要排一次队、检查一次证件、核实一次身份，便可完成出入境手续。

　　除自助通道外，旅客也可使用人工通道过关。港深两地查验人员在同一柜台办公，旅客只需要排一次队，就能分别完成出境与入境的查验手续。

　　“非常方便，非常快！”通过皇岗口岸从香港前往深圳的旅客黄女士说，以前过关还需要坐接驳车，非常耗时，现在可以“一地两检”，效率提高了很多。

　　“两地查验人员在同一区域内办公，好像‘背靠背’，几米就能一次性完成两地的查验流程，效率很高。”从深圳去香港旅游的陈先生说，皇岗口岸联检大楼的设计很超前，被这个“巨无霸”震撼到了。

　　车辆通关方面，港深首次采用“五合一”车辆合作查验通道，一次性完成港深5家查验单位的信息采集与系统核验，实现“一次停靠、一次查验、协同验放”，通关时间由此前的约10分钟缩减至约2分钟。

　　皇岗口岸是中国首个实行24小时通关的大型陆路口岸。自1989年启用以来，旅客流量从每日数千人次增至近年高峰期6万多人次，跨境私家车流量从每日百余辆次增至现时约1万辆次，累计服务数以亿计的跨境旅客。随着港深间通关需求增加，2019年皇岗口岸启动原址重建。